公司要三个月后才支付工资，是否合法？

不合法。依据《劳动法》，用人单位应在解除劳动合同时一次付清工资。延迟支付可能损害劳动者权益，造成经济困难和法律纠纷。
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可申请仲裁或诉讼。建议先与公司协商，协商无果则向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服可再提起诉讼。
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不合法。处理方式：1.与公司协商，要求立即支付；2.协商无果，收集证据，如工资条、离职证明等；3.向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交证据；4.对仲裁裁决不服，可在规定时间内向法院提起诉讼。